Docking

• A5- Disseny de nous fàrmacs

• Eines per visualitzar i modificar Proteïnes.

• Performing docking using DockingPie plugin in PyMOL.

• DockingPie: a consensus docking plugin for PyMOL

• DockingPieUser’s Guide

DockingPie

DockingPie is a plugin of PyMOL , which offers a versatile and user-friendly graphical user interface for assisting molecular and consensus docking analyses.

DockingPie has been conceived as an interactive interface between PyMOL and several open-source docking programs, so as to provide a platform for the integration of tools used for molecular visualization, molecular docking and analyses of the results.

The implemented docking programs are Smina, Autodock Vina, RxDock and ADFR.

DockingPie provides the possibility to carry out diverse docking analyses, which can be combined using different scoring schemes, also called Consensus Scoring (CS) functions,taking into consideration the results of different docking programs at once.

Install

It is installed, as the other PyMOL plugins, via the PyMOL plugin manager:

– Download the latest version of the plugin ZIP file from the following link: https://github.com/paiardin/DockingPie

– Launch PyMOL and use the Plugin → Plugin Manager command from the main menu of PyMOL. The plugin manager window of PyMOL will open.

– Click on Install New Plugin and press the Choose File… button. Select the DockingPie ZIP file that you have downloaded before. You will be asked to give the path of the directory in which to install the plugin files. Just select the default option if you are unsure about what to do (the location of the plugin files does not make any difference when running the plugin).

Antes de empezar con el Doking

Hay que conocer la proteína de interés, documentándose en la literatura científica (PubMed). Hay que saber su origen, su función, sus ligandos, el sitio de interacción, la utilidad y los objetivos del estudio, etc. Hemos de saber si la proteína ha de ir acompañada de moléculas de agua o si se han de eliminarlas. Un punto fundamental es saber si conocemos o no el sitio de unión o interacción (búsqueda bibliográfica o determinarlo con otras herramientas como DoGSiteScorer, Ucsf Dock)

Cada proteína tiene sus peculiaridades, hay mucha diversidad y no se puede hacer una regla que sirva de protocolo para todas ellas.

Caso de estudio

Acetylcholinesterase: mechanisms of covalent inhibition of H447I mutant determined by computational analyses.

La acetilcolinesterasa (ACo) es un neurotransmisor. Esta proteína está muy ligada para su utilización como diana terapéutica de ciertos fármacos. La acetilcolinesterasa forma un complejo con el [paraoxon](https://es.wikipedia.org/wiki/Paraox%C3%B3n.

Paraxon

Bases de datos de proteínas y ligandos

BD de proteínas y molécula de interés: PDB y acetilcolinesterasa BD del ligandos y molécula de interés: Pubchem y paraoxón paraoxon La acetilcolinesterasa forma un complejo con el paraoxón

Preparación previa a la utilización de Autodock Tool

• Hay que minimizar las energías de la estructura de la proteína y el ligando . Usaremos Chimera y/o Avogadro
• Después se ejecutaremos el docking, usando:
  • Chimera ( por debajo se ejecuta con AutodockVina)
  • Autodock4, Autogrid, AutodockVina y Autodock Tools.