PyMOL
PyMOL és un sistema de visualització molecular
Introducció
Section titled “Introducció”PyMOL és una eina molt útil per interactuar, inspeccionar i analitzar l’estructura 3D d’una proteïna.
Tot i que PyMOL té una interfície potent i flexible, és complexa i pot semblar aclaparadora per als nous usuaris.
El poder complet de PyMOL s’obté quan fas servir la línia de comandes, però avui no entrarem en això.
Instal·la PyMOL al teu ordinador personal
Instal·la Pymol a la teva carpeta d’usuari (no necessites permisos d’administrador):
Invoke-WebRequest https://github.com/kullik01/pymol-open-source-windows-setup/releases/download/v3.1.0/PyMOL_Open_source_v3.1.0a0_WINx64_portable.zip -OutFile PyMOL.zipExpand-Archive -Path PyMOL.zip -DestinationPath $env:USERPROFILE\PyMolExecuta el programa Open-Source-PyMOL.exe que es troba a la carpeta PyMOL.
apt install pymolPrimers Passos
Section titled “Primers Passos”Començaràs a aprendre sobre PyMOL observant l’enzim lisozima d’ou de gallina en complex amb l’inhibidor trisacàrid tri-(N-acetilglucosamina) o tri-NAG (consulta un text de bioquímica si vols saber més sobre la lisozima). Les coordenades atòmiques d’aquest model es troben al fitxer del Protein Data Bank amb el codi 1HEW.
El primer pas és carregar el teu fitxer PDB: Fitxer > Obtenir PDB… i escull 1HEW.
Ara hauries d’estar veient un model de línies verdes, blaves i vermelles sobre un fons negre.
Aquesta representació en brut és poc útil, ja que és difícil determinar les regions importants d’una estructura. Intenta trobar l’inhibidor, que està compost per tres anells en forma de cadira de N-acetilglucosa. No és fàcil, però a mesura que avancem en el tutorial, aprendràs com presentar la informació clarament.
Prova de rotar i fer zoom:
| Rotar | Prem i mantén el botó esquerre del ratolí i mou el ratolí |
| Apropar i allunyar | Prem i mantén el botó dret del ratolí i mou el ratolí |
| Roda del ratolí | Desplaça per veure la vista “slab” de la molècula canviar. La vista “slab” et permet mirar dins d’una molècula de proteïna. |
Panell d’objectes
Section titled “Panell d’objectes”Alternativament, mira el quadre inferior dret del panell d’objectes per veure les comandes basades en el ratolí.
Aquí es descriuen opcions i comandes addicionals disponibles quan s’utilitza el ratolí conjuntament amb el teclat.
És important que et familiaritzis amb l’ús dels botons de comanda principals en el panell d’objectes, ja que s’utilitzen per accedir als menús desplegables contextuals.
Aquests estan etiquetats com:
A | Acció | Permet realitzar diverses accions, anàlisis i càlculs |
S | Mostrar | Permet aplicar un efecte gràfic particular a una selecció de residus/molècules |
H | Amagar | Igual que S però amaga l’efecte gràfic |
L | Etiqueta | Permet afegir una etiqueta |
C | Color | Altera l’esquema de colors d’una selecció o objecte particular |
Utilitzant el botó esquerre del ratolí, pots accedir als menús desplegables. Prem cada un dels botons i observa el següent nivell de comandes.
Prova el següent:
| 1HEW | H > cartoon | La representació de cartoon verda desapareix |
| 1HEW | S > lines | Ara veus la representació de línies |
| 1HEW | H > waters | Les creus vermelles, que són molècules d’aigua, desapareixen |
És important tenir en compte que cada un dels botons es pot aplicar a diversos aspectes dels fitxers pdb segons les regions/cadenes/residus que formen una selecció particular.
Les pestanyes per defecte són:
all | refers to all atoms, including multiple PDB files if present |
1HEW | refers to all the atoms in a particular PDB file, namely the PDB loaded |
(sele) | refers to the atoms in a particular selection. |
all | es refereix a tots els àtoms, inclosos múltiples fitxers PDB si n’hi ha |
1HEW | es refereix a tots els àtoms d’un fitxer PDB particular, en aquest cas el PDB carregat |
(sele) | es refereix als àtoms en una selecció particular |
També pots utilitzar les pestanyes individuals per alternar la vista de la teva estructura. Prova de prémer la pestanya all en gris. La pestanya es tornarà negra i l’estructura desapareixerà.
Prem la pestanya una altra vegada i el quadre es tornarà gris i la teva estructura tornarà a aparèixer. Recorda que aquestes pestanyes són jeràrquiques, així que si tens una selecció particular de residus dins d’un fitxer PDB, alterar el fitxer PDB principal afectarà les seleccions relacionades amb aquest fitxer PDB. Ho veurem més endavant.
De vegades és més fàcil veure la proteïna sobre un fons blanc. Això és especialment important quan prepares imatges per a publicacions. Per tant, per canviar el fons a blanc: Display > Background > White
Panell de seqüència
Section titled “Panell de seqüència”El següent pas és mostrar la seqüència al panell de seqüència. Per fer això, prem el botó S a la part inferior dreta de la pantalla (no el botó S descrit anteriorment).
A sobre de la finestra principal de l’estructura de la proteïna, apareixerà text – aquesta és la seqüència de les proteïnes més altres “lletres”.
Utilitzant la barra de desplaçament, desplaça’t cap a la dreta per veure la resta de la seqüència de la proteïna i les altres lletres. El NAG són les unitats individuals de l’inhibidor trisacàrid i les O vermelles són les molècules d’aigua, comunament presents en estructures determinades per cristal·lografia de raigs X. Tot i que les aigües poden jugar un paper important en l’estructura i funció de les proteïnes, potser voldrem eliminar-les si cal. Podem amagar-les (vegeu més amunt) o eliminar-les completament. Les eliminarem per poder generar imatges fàcilment.
all ‘A’ > remove waters
Una manera molt senzilla de generar una figura útil per a publicació és provar el següent:
1HEW ‘A’ > preset > publication.
Si ho proves, observa com l’inhibidor trisacàrid es fa visible. Per tornar a la configuració anterior 1HEW ‘A’ > preset > default i repeteix els passos anteriors.
Selecció i visualització
Section titled “Selecció i visualització”El contingut d'aquest lloc web té llicència CC BY-NC-ND 4.0.
©2022-2025 xtec.dev