Vina

Introducció

El coneixement de l’orientació preferida al seu torn pot ser utilitzada per predir la força de l’associació o l’afinitat d’enllaç entre dues molècules, utilitzant per exemple, les funcions de puntuació (o funcions de scoring) Wikipedia

Entorn de treball

Currently, the python bindings and the binary installation are two separate processes. The installation of the python bindings does not include the Vina executable, and vice versa.

Python bindings (Linux and Mac only)

Crea una màquina Windows Subsystem for Linux (WSL).

Crea un nou projecte:

uv init vina --name vina-project -p 3.12
cd vina
uv add vina

Basic docking

In this example, a small molecule ligand (Imatinib, PDB token STI) is docked back to a hollow protein structure of mouse c-Abl (PDB token 1IEP) to reproduce the complex structure. A docked pose that closely resembles the original position of the ligand is expected among the top-ranked poses.

• Colab examples

• Installation