Vina és un projecte en Python per al docking molecular que permet acoblar lligands i receptors, generar múltiples posicions d’unió i exportar resultats per visualitzar-los en eines com NGL Viewer o Mol*.
On this page
Introducció
El coneixement de l’orientació preferida al seu torn pot ser utilitzada per predir la força de l’associació o l’afinitat d’enllaç entre dues molècules, utilitzant per exemple, les funcions de puntuació (o funcions de scoring) Wikipedia
Basic docking
In this example, a small molecule ligand (Imatinib, PDB token STI) is docked back to a hollow protein structure of mouse c-Abl (PDB token 1IEP) to reproduce the complex structure. A docked pose that closely resembles the original position of the ligand is expected among the top-ranked poses.
Entorn de treball
Currently, the python bindings and the binary installation are two separate processes. The installation of the python bindings does not include the Vina executable, and vice versa.
Python bindings (Linux and Mac only)
Crea una màquina Windows - Windows Subsystem for Linux (WSL).
Crea un nou projecte:
uv init vina --name vina-project -p 3.12cd vinauv add vinaO segueix el projecte plantilla Bio/Vina
Aquest conté les instruccions necessàries per a realitzar el docking, a partir del receptor i lligand generats al projecte Bio/Meeko