Uniprot

#Introducció

UniProt (Universal Protein Resource) és una base de dades de seqüències de proteïnes i la seva corresponent informació funcional. És de lliure accés i conté moltes entrades derivades de projectes de seqüenciació de genomes.

Conté al voltant de 60 milions de seqüències de proteïnes, derivada de la literatura científica, sobre la funció biològica de les proteïnes, la qual s’actualitza a mesura que es genera més coneixement

Uniprot neix del consorci UniProt que està format per EBI (European Bioinformatic Institute), SIB (Swiss Institute of Bioinformatics, que té una base de dades anomenada Swiss-prot), organitzacions bioinformàtiques europees i PIR (Protein Information Resource) organització americana de dades de proteïnes.

UniProt ofereix accés a quatre bases de dades de proteïnes:

1. The UniProt Knowledgebase (UniProtKB),
2. The UniProt Reference Clusters (UniRef),
3. The UniProt Metagenomics
4. Environmental Sequences database

Ves a la pàgina web i mira tota la informació que tens disponible: https://www.uniprot.org/

#REST API

UniProt proporciona diverses interfícies de programació d’aplicacions (API) per consultar i accedir a les seves dades mitjançant programes..

UniProt website REST API proporciona URLs RESTful que es poden marcar, enllaçar i utilitzar en programes per a totes les entrades, consultes i eines disponibles a través d’aquest lloc web.

Les dades estan disponibles en tots els formats proporcionats al lloc web, per exemple text, XML, RDF, FASTA, GFF o TSV per a dades de proteïnes UniProtKB.

#Obtenir un recurs

L’adreça web d’una entrada consta d’un nom de conjunt de dades (per exemple, uniprot, uniref, uniparc, taxonomy,…) i l’identificador únic de l’entrada, per exemple:

https://www.uniprot.org/uniprotkb/P12345

Per defecte, es retorna una pàgina web.

Depenent del conjunt de dades, també poden estar disponibles altres formats (fes clic a “Download” a la pàgina web de l’entrada).

A continuació tens alguns exemples de consultes HTTP amb HTTPX:

import httpx
import json

response = httpx.get("https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P12345.json")
print(json.dumps(response.json(), indent=4))

Si coneixes l’estructura del document pots accedir directament a la informació que vols, per exemple la seqüència d’aminoàcids.

import httpx
import json

from jsonquerylang import jsonquery

response = httpx.get("https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P12345.json")
data = response.json()
sequence = jsonquery(data, ".sequence")
print(
    json.dumps(sequence, indent=2)
)

Pots veure com és de fàcil accedir a la informació:

{
  "value": "MALLHSARVLSGVASAFHPGLAAAASARASSWWAHVEMGPPDPILGVTEAYKRDTNSKKMNLGVGAYRDDNGKPYVLPSVRKAEAQIAAKGLDKEYLPIGGLAEFCRASAELALGENSEVVKSGRFVTVQTISGTGALRIGASFLQRFFKFSRDVFLPKPSWGNHTPIFRDAGMQLQSYRYYDPKTCGFDFTGALEDISKIPEQSVLLLHACAHNPTGVDPRPEQWKEIATVVKKRNLFAFFDMAYQGFASGDGDKDAWAVRHFIEQGINVCLCQSYAKNMGLYGERVGAFTVICKDADEAKRVESQLKILIRPMYSNPPIHGARIASTILTSPDLRKQWLQEVKGMADRIIGMRTQLVSNLKKEGSTHSWQHITDQIGMFCFTGLKPEQVERLTKEFSIYMTKDGRISVAGVTSGNVGYLAHAIHQVTK",
  "length": 430,
  "molWeight": 47409,
  "crc64": "12F54284974D27A5",
  "md5": "CF84DAC1BDDD05632A89E4C1F186D0D3"
}