Els alineaments de seqüències múltiples són de gran interès perquè les seqüències homòlogues, tot i que no necessàriament tenen una gran similitud, sovint conserven estructures i funcions similars.
Introducció
Una de les preguntes fonamentals en la biologia és saber amb quines proteïnes estan relacionades una altra proteïna.
Podem trobar alguns exemples en aquest diagrama de Venn de seqüències ortòlogues; que són similars perquè tenen algun avantpassat comú. O, per exemple: citocrom c (proteïna que es troba a les mitocòndries) d’humans y de ratolins.