Kekule
Kekule és una biblioteca de JavaScript de codi obert per a quimioinformàtica centrada en representar, dibuixar, editar, comparar i cercar estructures de molècules
Dibuixant molecules
Les molécules tenen una estructura tridimensional i es poden representar en 3D.
Ehtanol Panel
Per exemple, a PubChem pots veure l’alcohol etílic ( o etanol) en 3D: Ethanol
També pots veure una representació de la molécula a Molview: Ethanol
Les molècules petites sovint són gràfics planars i es poden dibuixar com una representació bidimensional, amb algunes notacions especials per gestionar la quiralitat.
H H
| |
H-C-C-O-H
| |
H HAquesta és una representació molt detallada amb tots aquells hidrògens que s’enganxen als àtoms pesats.
Es pot compactar una mica movent les H al costat de l’àtom pesat:
CH<sub>3</sub>-CH<sub>2</sub>-OH
Els àtoms tenen valències: el carboni té una valència de 4, el que significa que necessita 4 enllaços simples, o 1 enllaç doble i 2 enllaços simples, o 2 enllaços dobles, o 1 enllaç triple i 1 enllaç simple.
Com que escriure tants hidrògens és molt pesat, els químics assumeixen que les valències sempre s’ompliran, en lloc d’enumerar els recomptes d’hidrogen de manera explícita, van decidir utilitzar una representació implícita d’hidrogen, on el nombre d’hidrògens en un àtom és la valència de l’àtom més la càrrega menys la suma dels seus ordres d’enllaç.
A continuació tens un alcohol etílic dibuixat amb hidrògens implícits:
C-C-O
A diferència dels químics generals els químics orgànics també han d’escriure moltes C.
Suposo que ja saps per quin motiu, si no ja pots tornar al principi de l’activitat!
La pràctica estàndard és que els carbonis “normals” no es dibuixen en absolut. Qualsevol final d’enllaç o flexió sense símbol d’element s’assumeix que és un carboni sense càrrega de pes molecular mitjà.
Aquí tens un alcohol etílic tal com ho dibuixaria un químic:
--O
Tot això perquè t’interessa?
-
Si mires l’estructura 2D de l’etanol a PubChem no pensarás que algún error ha d’haver-hi: Etanol
-
Que en química orgànica les molècules estan plenes de H i C.
Kekule
Kekule.js és una biblioteca JavaScript de codi obert per a quimioinformàtica.
Actualment, està centrat en les molècules, centrant-se en proporcionar la capacitat de representar, dibuixar, editar, comparar i cercar estructures de molècules als navegadors web.
Tota la biblioteca està dividida en diversos mòduls, cadascun ofereix diferents característiques i funcions. Els usuaris poden utilitzar la combinació de mòduls per a un propòsit específic.
La taula següent enumera les característiques principals de cada mòdul a Kekule.js que ens interessa:
| Mòdul | Caracterísitques principals |
|---|---|
| Core | Representació de conceptes químics com element, àtom, enllaç, molècula i reacció |
| IO | Llegir/escriure diferents formats de dades químiques. Aixó inclou: Format Kekule JSON/XML, CML, MDL MOL2000/3000, SMILES |
| Render | Proporciona mètodes de renderització de navegador creuat de baix nivell per dibuixar molècules (i altres objectes químics) en el context del navegador web |
Dibuixar mol·lècules i àtoms amb Kekule
Els àtoms i els enllaços són la base de diverses molècules.
Estan representats com objectes a Kekule.js.
Crea un projecte kekule tal com s’explica a “/ts/module/” :
&& Afegeix la llibreria kekule:
Crea un fitxer index.html:
<!doctype html>
Kekule
Estás leyendo una vista previa.
Inicia sesión con Google para leer la página completa. Sigue el itinerario de aprendizaje — cada página se desbloquea cuando has leído las que la preceden. El alumnado y el profesorado leen las páginas de su curso sin límite.
Iniciar sesión