Escriu per cercar…

py3Dmol

Mira una proteïna al navegador amb tres línies de Python, i pinta-la amb el que hagis calculat tu.

S'ensenya a
Disseny de nous fàrmacsAcoblament molecularDAW-BIO

Introducció

Tres línies i tens una proteïna que pots girar amb el ratolí:

python
import py3Dmol

view = py3Dmol.view(query="pdb:1hvr")
view.setStyle({"cartoon": {"color": "spectrum"}})
view.write_html("1hvr.html")

Això que gires no és una imatge: és la proteasa del VIH, l’enzim que ataquen els fàrmacs contra la sida. Prova de girar-la.

El query="pdb:1hvr" se la baixa del Protein Data Bank tot sol, així que no has hagut ni de descarregar el fitxer.

py3Dmol no dibuixa res: escriu una pàgina web que fa servir 3Dmol.js, i qui dibuixa és el navegador. Per això no necessites ni targeta gràfica ni controladors.

Entorn de treball

Aquesta és la part que fa que valgui la pena:

ps
uv init mol
Initialized project `mol` at `C:\Users\eva\mol`

cd mol
uv add py3dmol
Using CPython 3.14.3
Creating virtual environment at: .venv
Resolved 2 packages in 224ms
Prepared 1 package in 58ms
Installed 1 package in 1ms
 + py3dmol==2.5.5

Un paquet. py3Dmol no depèn de res més.

Estàs llegint una vista prèvia.

Inicia sessió amb Google per llegir la pàgina completa.

Inicia sessió amb Google

Amb qualsevol compte de Google. Només et demanarem que acceptis les condicions del servei.