Protein Data Bank
El format Protein Data Bank és un format de fitxer comunament utilitzat per emmagatzemar informació sobre estructures moleculars.
Introducció
El RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) proporciona accés i eines per a l’exploració, visualització i anàlisi de:
- Estructures 3D determinades experimentalment a partir de l’arxiu del Protein Data Bank (PDB).
- Computed Structure Models (CSM) d’AlphaFold DB i ModelArchive.
- Fins i tot, programes d’anàlisis de proteïnes i predicció d’estructura com FireProt 2.0 i Modeller
Aquesta base de dades és el repositori de referència de dades estructurals de proteïnes, un recurs essencial per a aplicacions com el disseny de fàrmacs i l’enginyeria de proteïnes
Pots accedir als registres d’aquesta base de dades a través de la pàgina web de RCSB a https://www.rcsb.org/
Per exemple, pots visualitzar el registre de l’Hemoglobina humana en 3D, que té el codi 4N7N, en aquest enllaç https://www.rcsb.org/3d-view/4n7n
Els noms dels fitxers PDB consisteixen en un número seguit de tres caràcters, per exemple, 1HEW.
PDB Format
Un fitxer PDB (Protein Data Bank) és un format de fitxer estandarditzat basat en text que emmagatzema les dades estructurals tridimensionals (3D) de macromolècules biològiques, principalment proteïnes i àcids nucleics, així com els seus complexos.
Un fitxer PDB emmagatzema les posicions espacials dels àtoms obtingudes per cristal·lografia de raigs X, espectroscòpia RMN i altres tècniques experimentals, i contenen les coordenades atòmiques, informació d’enllaç i altres detalls rellevants de les biomolècules derivades de mètodes experimentals…
Descarrega el fitxer “Legacy PDB Format” de la proteïna Zeta-Zeta Transmembrane Dimer des del PowerShell de Windows:
iwr https://files.rcsb.org/download/2HAC.pdb -OutFile 2HAC.pdbA Linux seria:
El fitxer és un fitxer de text que pots obrir amb l’editor de text.
Title Section
Els fitxers PDB comencen amb un Title Section.
Aquesta secció conté detalls generals sobre les molècules en el fitxer, així com els experiments utilitzats per elucidar les seves estructures. Tot i que hi ha diversos tipus de registres en una secció de títol, els que discutirem a continuació són HEADER, COMPND, i REMARK.
Header Record
La primera línia és un registre header, i té aquest aspecte:
HEADER MEMBRANE PROTEIN 12-JUN-06 2HACEstàs llegint una vista prèvia.
Inicia sessió per llegir l'article complet. Qualsevol compte obre 4 articles gratuïts al mes; l'alumnat i el professorat llegeixen les pàgines del seu curs sense límit.
Inicia sessió