PyMOL
PyMOL és un sistema de visualització molecular
Introducció
PyMOL és una eina molt útil per interactuar, inspeccionar i analitzar l’estructura 3D d’una proteïna.
Tot i que PyMOL té una interfície potent i flexible, és complexa i pot semblar aclaparadora per als nous usuaris.
El poder complet de PyMOL s’obté quan fas servir la línia d’ordres.
El més important és provar-ho i experimentar. Com més utilitzis PyMOL, més fàcil serà fer-lo servir i més aprendràs sobre les proteïnes i el programa.
Instal·la PyMOL al teu ordinador personal
Instal·la Pymol a la teva carpeta d’usuari (no necessites permisos d’administrador):
Executa el programa Open-Source-PyMOL.exe que es troba a la carpeta PyMOL.
Si tens problemes utilitza el gestor de paquets conda (TODO)
Primers Passos
You will start learning about PyMOL by looking at the enzyme Hen Egg lysozyme in complex with the trisaccharide inhibitor tri-(N-acetylglucosamine) or tri-NAG).
Atomic coordinates for this model are contained in the Protein Data Bank file with code 1HEW.
El primer pas és carregar el teu fitxer PDB: Fitxer > Obtenir PDB… i escull 1HEW.
PDB files are essentially a set of atomic coordinates or “atom placements” read by PyMOL in a
defined format to allow a molecular structure to be built. PDB file names consist of a number
followed by three characters – for example, 1HEW.
Estàs llegint una vista prèvia.
Inicia sessió per llegir l'article complet. Qualsevol compte obre 4 articles gratuïts al mes; l'alumnat i el professorat llegeixen les pàgines del seu curs sense límit.
Inicia sessió