Escriu per cercar…

Panda3D

Dibuixa una proteïna en tres dimensions llegint les coordenades dels àtoms d'un fitxer PDB.

Codi

Introducció

Un fitxer PDB és una llista de coordenades.

Panda3D dibuixa coses a les coordenades que li dius.

Aquesta pàgina uneix les dues meitats: llegeixes el fitxer amb Python i poses una esfera a cada àtom.

El resultat no és un programa complicat. Són cinquanta línies.

Això és la insulina humana, la mateixa hormona que has vist a Structure, ara amb els seus 411 àtoms al lloc on són de veritat.

Entorn de treball

Crea un projecte nou amb uv i afegeix-hi Panda3D:

ps
uv init protein3d
Initialized project `protein3d` at `C:\Users\eva\protein3d`

cd protein3d
uv add panda3d
Using CPython 3.14.3
Creating virtual environment at: .venv
Resolved 2 packages in 2ms
Installed 1 package in 17ms
 + panda3d==1.10.16

Ara baixa’t la insulina humana del Protein Data Bank. El seu codi és 3I40:

ps
iwr https://files.rcsb.org/download/3I40.pdb -OutFile 3i40.pdb

Obre el projecte amb Bàsic.

Llegir els àtoms

Ja saps trobar les línies ATOM d’un fitxer PDB.

El que et falta és treure’n els números, i aquí la clau és que el format PDB és de columnes fixes: cada camp ocupa sempre les mateixes posicions de la línia.

ATOM      1  N   GLY A   1     -27.279   6.238 -12.314  1.00 45.01           N

Estàs llegint una vista prèvia.

Inicia sessió amb Google per llegir la pàgina completa.

Inicia sessió amb Google

Amb qualsevol compte de Google. Només et demanarem que acceptis les condicions del servei.