C044 - Eines computacionals en bioinformàtica

Anàlisis de dades de salut

RA 1 Identifica les fonts de dades en informàtica mèdica, reconeixent la importància del tractament de les dades en l’obtenció d’informació fiable.

GDPR Les dades relatives a la salut són dades personals relacionades amb la salut física o mental d'una persona física.

HIPAA La Informació de Salut Protegida és qualsevol "informació de salut individualment identificable" que es relaciona amb l'estat de salut d'una persona, la prestació d'atenció sanitària o el pagament de l'atenció sanitària.

Matplotlib Matplotlib és una biblioteca que serveix per dibuixar figures, funcions i tot tipus de gràfiques en imatges estàtiques.

Estadística Estadística descriptiva, mesures de centralització, dispersió, outliers, correlació entre variables i corbes distribució. Amb gràfics per il·lustrar tots els conceptes.

Polars Polars és una biblioteca de codi obert per a la manipulació de dades, coneguda per ser una de les solucions de processament de dades més ràpides en una única màquina. Compta amb una API ben estructurada i tipada que és tant expressiva com fàcil d'utilitzar.

Patito Patito ofereix una manera senzilla de declarar models de dades pydantic que serveixen també com a esquema per als teus dataframes de polars.

Plotly Plotly is an interactive, open-source, and browser-based graphing library for Python

Plotly Plotly és una llibreria per generar gràfics interactius amb JavaScript.

Gestió de dades de salut

RA 2 Consulta, modifica i gestiona la informació emmagatzemada en bases de dades mèdiques, emprant els procediments, funcions i guions incorporats en el llenguatge de manipulació de dades.

Row Level Security La seguretat en l'àmbit de fila (RLS) és una característica que et permet restringir les files retornades per una consulta en funció de l'usuari que executa la consulta.

PGAudit L'Extensió d'Auditoria de PostgreSQL (o pgaudit) proporciona un registre detallat d'auditoria de sessions i/o objectes mitjançant el sistema estàndard de registre proporcionat per PostgreSQL.

Àcids nucleics

RA 3 Identifica les principals biomolècules i els àmbits d’aplicació en el sector biomèdic i agroalimentari, reconeixent la importància de les ciències òmiques en el context de la recerca biomèdica i agroalimentària.

ADN L'ADN és el material genètic dels organismes vius

Expressió gènica L’expressió gènica és el procés mitjançant el qual la informació continguda en els gens d'una seqüència d'ADN es transcriu en RNA i, posteriorment, es tradueix en proteïnes funcionals, proporcionant una visió detallada del comportament molecular dels gens en diferents condicions i contextos biològics.

Dades Treballarem amb els formats textuals de seqüenciació d'ADN, ARN i proteïnes més habituals en bioinformàtica, el FASTA i el Genbank; i també repassarem d'altres de coneguts.

Entrez Entrez és un motor de cerca de l'institució pública NCBI que integra diverses bases de dades de ciències de la salut. Ofereix de manera gratuïta molta informació genòmica d'alt rendiment, a través de la API anonimitzada d'Entrez.

Anàlisis de seqüències

RA 4 Consulta, modifica i gestiona la informació emmagatzemada en bases de dades informàtiques, emprant els procediments, funcions i guions incorporats en el llenguatge de manipulació de dades.

Alineament de seqüències L'alineament de seqüències és un mètode computacional que permet inferir informació biològica només a partir de la informació que tenen les seqüències.

Blast Blast és l'eina principal de l'NCBI per comparar una seqüència d’ADN o proteïna amb altres seqüències de diverses bases de dades

Alineament múltiple de seqüències Els alineaments de seqüències múltiples són de gran interès perquè les seqüències homòlogues, tot i que no necessàriament tenen una gran similitud, sovint conserven estructures i funcions similars.

• Arbres filogenètics