La química informàtica utilitza ordinadors per descobrir relacions complexes entre conjunts de dades tant empíriques com computacionals.
99 hores
Activitats d’ensenyament i aprenentatge
| Activitat | Títol de l'activitat | Resultats d'aprenentatge | Hores |
|---|---|---|---|
| 1 | Molècules ÀtomsEnllaçosSMILESInChIStructured Data FormatPubChem | 2
Consulta, modifica i gestiona la informació emmagatzemada en bases de dades d’estructures químiques i les dades utilitzades per realitzar modelitzacions moleculars, emprant els procediments, funcions i guions incorporats en el llenguatge de manipulació de dades. | 0 |
| 2 | Proteïnes FuncióAminoacidsEstructuraUniprotProtein Data BankPyMOLAnàlisis estructural | 2
Consulta, modifica i gestiona la informació emmagatzemada en bases de dades d’estructures químiques i les dades utilitzades per realitzar modelitzacions moleculars, emprant els procediments, funcions i guions incorporats en el llenguatge de manipulació de dades. | 0 |
| 3 | Acoblament molecular MeekoVinaGnina | 1
Descriu la interacció entre fàrmacs i receptors, reconeixent les diverses formes d’obtenció de nous fàrmacs i la utilització de les eines quimioinformàtiques en aquesta recerca | 0 |
| 4 | Similitut molecular FonamentsFingerprintDeepchem | 1
Descriu la interacció entre fàrmacs i receptors, reconeixent les diverses formes d’obtenció de nous fàrmacs i la utilització de les eines quimioinformàtiques en aquesta recerca | 0 |
| 5 | Disseny de fàrmacs Fonaments | 1
Descriu la interacció entre fàrmacs i receptors, reconeixent les diverses formes d’obtenció de nous fàrmacs i la utilització de les eines quimioinformàtiques en aquesta recerca | 0 |
Molècules
Àtoms
Un àtom és la unitat més petita de matèria que conserva totes les propietats químiques d'un element.
Enllaços
Els quatre elements comuns a tots els organismes vius són l'oxigen (O), el carboni (C), l'hidrogen (H) i el nitrogen (N), que en conjunt formen al voltant del 96% del cos humà.
SMILES
SMILES és una notació que defineix la estructura de les mol·lècules amb l'ús de cadenes de caràcters ASCII; per guardar-les de forma òptima en sistemes informàtics.
InChI
Structured Data Format
PubChem
PubChem is the world's largest collection of freely accessible chemical information.
Proteïnes
Funció
Aminoacids
Els aminoàcids són els monòmers que componen les proteïnes.
Estructura
Una proteïna està formada per una o més cadenes lineals d'aminoàcids, cadascuna de les quals s'anomena polipèptid.
Uniprot
Protein Data Bank
El format Protein Data Bank és un format de fitxer comunament utilitzat per emmagatzemar informació sobre estructures moleculars.
PyMOL
PyMOL és un sistema de visualització molecular
Anàlisis estructural
Acoblament molecular
Meeko
Meeko prepara l'entrada per vina i processa la seva sortida.
Vina
Gnina
Similitut molecular
Fonaments
Fingerprint
Molecular fingerprint is a very simple representation that often works well for small drug-like molecules.
Deepchem
Disseny de fàrmacs
Fonaments
Resultats d'aprenentatge i criteris d'avaluació
- Diferencia fàrmac, forma farmacèutica i medicament.
- Identifica les propietats físiques i químiques d’un fàrmac en relació amb la seva forma d’actuació en l’organisme.
- Descriu l’estructura de les proteïnes.
- Identifica l’estructura d’un receptor i els tipus d’interaccions fàrmac-receptor.
- Valora la importància dels models 3D moleculars en la recerca de nous fàrmacs.
- Reconeix les diferents tècniques de simulació per ordinador en l’àmbit de la modelització molecular.
- Identifica les funcions i les ordres bàsiques per a treballar amb les bases de dades d’estructures químiques.
- Realitza consultes en les bases de dades utilitzant els procediments adequats en cada cas.
- Automatitza tasques de recerca d’informació en la base de dades utilitzant algun llenguatge de programació amb guions (Perl, Python o altres).
- Utilitza adequadament les eines i aplicacions d’ús habitual en el disseny de nous fàrmacs.
- Elabora informes relacionats amb les dades obtingudes a partir de les eines quimioinformàtiques utilitzades.